Στα Πλαίσια του προγράμματος Αγροτικής Ανάπτυξης 2007-2013, η Ελλάδα μέσω του Υπουργείου Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων (ΥΠΑΑΤ) έχει την υποχρέωση της συγκέντρωσης των στοιχείων που αφορούν τις συγκεντρώσεις νιτρικών και φυτοφαρμάκων για τα επιφανειακά και υπόγεια ύδατα ώστε να μελετηθούν οι δείκτες βάσης. Μέσα από το συγκεκριμένο πρόγραμμα το ΔΚΠ ανέλαβε την μελέτη και υπολογισμό των δεικτών αυτών μέσα από το κοινό πλαίσιο παρακολούθησης και αξιολόγησης το οποίο καθορίζει περιορισμένο αριθμό κοινών δεικτών για κάθε επίπεδο ιεράρχησης των στόχων. Έτσι, στα πλαίσια του προγράμματος, το ΔΚΠ συνέλλεξε όλα τα απαραίτητα πρωτογενή δεδομένα και μέσα από τις κατάλληλες μεθοδολογίες προσδιόρισε τους δείκτες βάσης του ΠΑΑ 2007-2013.
Τα αποτελέσματα του έργου αποτελούν για το ΥΠΑΑΤ έναν βασικό άξονα για την εφαρμογή του ΠΑΑ 2007-2013 και κατά συνέπεια του Εθνικού Στρατηγικού Σχεδίου Αγροτικής Ανάπτυξης (ΕΣΣΑΑ) 2007-2013 όπως αυτό προσδιορίστηκε σύμφωνα με το άρθρο 11 του Κανονισμού (ΕΚ) 1698/2005 για τη στήριξη της αγροτικής ανάπτυξης από το Ευρωπαϊκό Γεωργικό Ταμείο Αγροτικής Ανάπτυξης.